1 lutego 1411 roku w Toruniu zawarto I pokój toruński. Jednak niezadowolenie mieszczan wynikające z kryzysu w jakim znalazło się państwo zakonne skłoniło ich ku władzom polskim. W 1454 roku wybuchło powstanie antykrzyżackie, zburzono zamek krzyżacki. Był to początek polsko-krzyżackiej wojny trzynastoletniej. Dla wzmocnienia poparcia szlachty król polski w 1454 wydał statuty nieszawskie. Stało się to na Zamku Dybowskim, w podmiejskiej osadzie Nieszawa (obecnie dzielnica Torunia o nazwie Piaski). Torunianie gruntownie przyczynili się do osłabienia państwa krzyżackiego, odgrywając kluczową rolę w antykrzyżackim Związku Pruskim, pośrednio otwierając Polsce drogę do Bałtyku. 19 października 1466 roku II pokój Toruński zakończył wojnę trzynastoletnią. W wyniku jego postanowień Toruń wraz z Prusami Królewskimi wszedł w skład państwa polskiego.
W granicach Rzeczypospolitej (1454–1793)