23 grudnia 1466 Paweł II ekskomunikował Jerzego i wymówił mu koronę Czech, zakazując jednocześnie katolickim poddanym posłuszeństwa wobec władcy. Do wystąpień katolickiej szlachty czeskiej dołączyli cesarz Fryderyk III i król Węgier, Maciej Korwin, zięć i dawny sojusznik Jerzego. Podiebrad pokonał Korwina w lutym 1469 pod Vilémovem, ale uwolnił przeciwnika po obietnicy współpracy. Korwin złamał dane słowo i 3 maja 1469 został obwołany w Ołomuńcu, na przeważająco katolickich Morawach antykrólem przez część szlachty opozycyjną wobec Jerzego. W następnym roku Jerzy odniósł szereg sukcesów przeciw Maciejowi.
Schorowany Jerzy zmarł 22 marca 1471. Jego następcą – w ziemiach niezajętych przez Korwina – zgodnie z wcześniejszymi układami obrano w Kutnej Horze – Władysława Jagiellończyka, syna polskiego króla Kazimierza, prawnuka cesarza i króla Czech Zygmunta Luksemburskiego. Władysław i Maciej ułożyli się w 1479 roku co do swych praw do korony czeskiej zawierając pokój w Ołomuńcu, w którym wzajemnie uznali swe tytuły i uzgodnili zasady dziedziczenia.