Świetność opactwa bezpowrotnie skończyła się z nadejściem reformacji, kiedy dekretem króla Chrystiana III z dnia 30 października 1536 luteranizm stał się religią państwa. W 1537 zrekonstruowana Rada Państwa zaaprobowała zarządzenie luterańskie (Ordinatio ecclesiastica regnorum Daniae et Norwegiae et ducatuum Slesvicencis, Holtsatiae etc. etc.), opracowane w oparciu o wyznanie augsburskie i mały katechizm Lutra przez duńskich teologów wraz z pastorem luterańskim, bliskim współpracownikiem i przyjacielem Marcina Lutra — Janem Bugenhagenem, podpisane przez króla 2 września 1537 po poprawkach naniesionych przez Bugenhagena. Wszystkie dobra kościoła katolickiego przejęte zostały przez Koronę, a opactwu pozwolono funkcjonować jako klasztor do roku 1559, kiedy pozostałych 11 zakonników zmuszono do przeniesienia się do opactwa Sorø, zaś zabudowania klasztorne w dużym stopniu rozebrano i pozyskane w ten sposób materiały budowlane użyto przy budowie zamków Frederiksborg i Kronborg w Helsingør nad cieśniną Sund, do terenów którego zamku przyłączono ziemie należące do opactwa.