W 1971 r. powołany został na stanowisko dyrektora Instytutu Historii Polskiego Ruchu Robotniczego i prorektora Wyższej Szkoły Nauk Społecznych przy KC PZPR w Warszawie. W latach 1971–1974 był redaktorem naczelnym kwartalnika „Z Pola Walki”Z życia Instytutu Ruchu Robotniczego. 25-lecie kwartalnika „Z Pola Walki”. Posiedzenie Komitetu Redakcyjnego, w: „Z Pola Walki”, nr 3/1984, s. 201–207.. Obowiązki te łączył z pracą na UAM.

Przynależność do PZPR nie przeszkodziła mu w opublikowaniu w 1973 r. pracy Kraj Rad. Lata zmagań i zwycięstw, w której zakwestionował fragment dotyczący kolektywizacji rolnictwa, co stało się powodem jego usunięcia z Wyższej Szkoły Nauk Społecznych przy KC PZPR w Warszawie – na wniosek władz ZSRR z inspiracji prof. Janusza GołębiowskiegoJ. Sobczak, Warszawski epizod w życiu profesora Antoniego Czubińskiego, Wydawnictwo Poznańskie, Poznań 2005.. Praca ta miała zresztą pierwotnie podtytuł „lata klęsk i zwycięstw” („klęski” na „zmagania” Czubiński musiał zmienić na skutek ingerencji cenzury prewencyjnej już w wydawnictwie)Stanisław Sierpowski, Szkic do portretu Antoniego Czubińskiego (1928-2003), „Przegląd Zachodni”, nr 2 (307), 2003, s. 260.. W 1973 r.