W tym samym czasie starania o odzyskanie budynku dla celów kultu religijnego podejmował proboszcz parafii św. Mikołaja, ks. Stanisław Grunt. Starania te przyniosły skutek dopiero w 1983 r., kiedy oficjalnie świątynię przekazano parafii św. Mikołaja. W latach 1983–1985 przeprowadzono kapitalny remont. 1 listopada 1985 r. ks. bp Marian Przykucki dokonał ponownego poświęcenia świątyni, przeznaczając ją dla ośrodka Duszpasterstwa Akademickiego “Emaus”. W tym czasie w pastorówce urządzono żłobek.
W 1990 r. została erygowana parafia pw. św. Jana Apostoła i Ewangelisty. Wezwanie kościoła dało początek pomysłowi, aby nowo budowane świątynie Fordonu otrzymały wezwania pozostałych ewangelistów, co też się stało.
W latach 90. XX w. świątynię wyposażono w sprzęt sakralny (ławki, konfesjonały, tabernakulum, kielichy, puszki, bieliznę kościelną) i przystosowano ostatecznie do sprawowania liturgii katolickiej. W 2001 r. kościół uzyskał zewnętrzną iluminację świetlnąRemonty w czterech kościołach. W latach 2012-2014 przeprowadzono gruntowne prace konserwatorskie wnętrza przywracające historyczną kompozycję kolorystyczną, a w latach 2014-2018 oczyszczono ceglaną elewację głównej bryły kościoła i wieży.