Losy powojenne i parafia rzymskokatolicka (od 1945) Celom sakralnym obiekt służył do 1945 r., do czasu gdy członkowie niemieckiej parafii ewangelickiej opuścili Polskę. Świątynia została przejęta przez starostwo Bydgoszczy i oddana katolikom podobnie jak 16 innych kościołów ewangelickich w Bydgoszczy i powiecie. Niestety, kilkuletnia zwłoka ze strony władzy duchownej w wyegzekwowaniu tego postanowienia doprowadziła do przeszło trzydziestoletniej zwłoki w przejęciu kościoła. Władze pod koniec lat 40. nie były już skłonne oddać obiektu i urządziły w nim magazyn zboża, a w latach 50. magazyn odzieży ochronnej.
W latach 70. XX w. zdewastowany budynek został przeznaczony przez władze do rozbiórki. Miał on zniszczony dach, pęknięcia ścian, zniszczony filar wieży, ubytki w fundamentach i ścianach, brak drzwi oraz jakichkolwiek ruchomości wewnątrz, braki w balustradach na balkonach, zdewastowaną stolarkę okienną.