10 kwietnia 1924 ks. kard. Edmund Dalbor dokonał podziału parafii farnej i erygował na Szwederowie parafię pw. Matki Boskiej Nieustającej Pomocy. W następstwie wzrostu liczby mieszkańców Szwederowa prowizoryczny kościół stał się za mały, dlatego palącym problemem stała się budowa większej świątyni. Mimo że już w 1923 Rada Miejska Bydgoszczy przekazała grunt pod budowę kościoła przy ul. Orlej i Dąbrowskiego, proboszcz ks. Jan Konopczyński postanowił zbudować kościół na ogólnie dostępnym, wolnym terenie. W związku z tym w styczniu 1926 r. zakupił nieruchomość przy ul. Ugory 8-9obecnie ul. Ugory nr 16 z przeznaczeniem pod budowę kościoła.
Pierwotnie projektowano budowę o konstrukcji z pruskiego muru, jednak za radą architekta Stefana Cybichowskiego z Poznania, postanowiono powiększyć kościół o jedno przęsło i zbudować nawę z żelazobetonu. Projekt ukończono w maju 1926, a wznoszenie świątyni rozpoczęto w październikubudowę prowadziła firma Eicke i Lewandowski z Poznania, natomiast pokrycie dachów i wież wykonywały firmy bydgoskie: Ludwika Sosnowskiego i Franciszka Suwalskiego. W pracach pomagało codziennie bezinteresownie ok. 150 mieszkańców dzielnicy.