Według PKP PLK przyczynami opóźnień były: Zmianą stanu prawnego modernizowanych obiektów polegającą na wpisaniu obiektów przeznaczonych do modernizacji na listę ewidencji wojewódzkiego konserwatora zabytków. Warunkami przebudowy wydanymi przez zarządców infrastruktury drogowej i podziemnej, wprowadzającymi nowe zakresy robót w stosunku do programu funkcjonalno-użytkowego. Powstaniem nowego obszaru Natura 2000 – Łąki w Jaworznie. Upadłością grupy Movares (która prowadziła prace projektowe jako podwykonawca na 2 kontraktach). Upadłość Przedsiębiorstwa Napraw Infrastruktury.
W styczniu 2015 PKP PLK zawarło porozumienie z Trakcją PRKiI (wykonawcą odcinka Sosnowiec Jęzor – Trzebinia), w ramach którego Trakcja i PKP PLK rozlicza się za dotychczas wykonane zadania oraz Trakcja przygotuje kompleksową dokumentację do ogłoszenia przetargu na wykonanie pozostałych prac budowlanych na tym odcinku. Podobne porozumienie zostało zawarte z wykonawcą odcinka Krzeszowice – Trzebinia. Jednym kontraktem, który nie został zerwany był kontrakt na sygnalizację.