Działał następnie w składzie północnego patrolu (Northern Patrol).
7 maja z krążownikami HMS „Birmingham” i HMS „Edinburgh” oraz czterema niszczycielami HMS „Bedouin”, HMS „Eskimo”, HMS „Somali”, HMAS „Nestor” wziął udział w operacji EB – przechwycenia niemieckiego statku rozpoznania pogodowego WBS-6 „München” w celu zdobycia tablic kodowych do maszyny szyfrującej Enigma.
22 maja patrolował między Islandią a Wyspami Owczymi w celu ewentualnego przechwycenia pancernika „Bismarck”, który przedzierał się na Atlantyk, po czym 24 maja patrolował w Cieśninie Duńskiej na wypadek zawrócenia pancernika.
W lipcu 1941 „Manchester” uczestniczył w eskorcie konwoju statków z wojskiem i sprzętem z Wielkiej Brytanii na Maltę (operacja Substance) (początkowo eskortował transportowiec „Leinster” w zespole z krążownikiem „Arethusa” i niszczycielami HMS „Cossack”, „Maori” i „Sikh”)Don Kindell, NAVAL EVENTS, JULY 1941, Part 2 of 2.. Po minięciu Gibraltaru 21 lipca 1941, konwój stał się obiektem ataków lotnictwa i włoskich kutrów torpedowych. 23 lipca „Manchester” został trafiony torpedą lotniczą w kotłownię z prawej burty, lecz zdołał powrócić do Gibraltaru w eskorcie niszczycieli , „Vidette”, „Vimy” i (26 zabitych)Don Kindell Casualty Lists of the Royal Navy and Dominion Navies, World War 2..