Na mocy traktatu orleańskiego zawartego w maju 1275 pomiędzy jej matką a królem Filipem Joanna została zaręczona z jednym z jego dwóch starszych synów, jednak Ludwik zmarł w 1276, także narzeczonym królowej został Filip.
W pierwszej połowie 1284 Joanna została uznana za zdolną do samodzielnego sprawowania rządów zgodnie z prawem zwyczajowym Szampanii; w efekcie jej matka ukończyła regencję. Blanka d'Artois i jej drugi mąż Edmund otrzymali odszkodowanie za utracone wpływy w Szampanii.
16 sierpnia 1284 poślubiła Filipa Pięknego, który rok później został królem Francji. Małżeństwo było uznawane za udane a małżonkowie byli sobie bliscy. Filip darzył szacunkiem swoją żonę, jednak nie angażował jej w sprawy polityczne; mimo tego w 1294 wyznaczył Joannę jako potencjalną regentkę w przypadku jego przedwczesnej śmierci.
Joanna nie uczestniczyła w rządzeniu Nawarrą; bieżącą administrację królestwa prowadzili w jej imieniu francuscy gubernatorzy oraz jej mąż, jednak w dokumentach występowała jako suwerenna władczyni a jej podpis i pieczęć stanowiły element oficjalnych aktów.