W drugim procesie metropolita został skazany na dwa lata więzienia, w którym ostatecznie spędził 256 dni.
Amnesty International uznała uwięzionego metropolitę za więźnia sumieniaAmnesty International sees Jovan Vraniskovski a prisoner of conscience. Listy do władz macedońskich w sprawie jego uwolnienia przesyłali również patriarcha konstantynopolitański Bartłomiej, patriarcha moskiewski Cyryl (jeszcze jako biskup, jako przedstawiciel Cerkwi rosyjskiej)List patriarchy Cyryla do prezydenta Macedonii, przedstawiciele monasterów Góry AthosList przedstawicieli Góry Atos do metropolity Jovana, a także papież Benedykt XVI.
Ostatecznie arcybiskup ochrydzki opuścił więzienie w kwietniu 2007Informacja o uwolnieniu metropolity, jednak w październiku 2009 został skazany ponownie, pod zarzutem przywłaszczenia mienia kościelnego, na 2,5 roku więzienia. Wyrok zapadł pomimo ekspertyzy, która wykluczyła możliwość dokonania przez niego oszustwa finansowego w czasie, gdy był jeszcze duchownym Macedońskiego Kościoła PrawosławnegoOświadczenie Synodu biskupów Arcybiskupstwa Ochrydzkiego.