16 listopada 2010 został aresztowany w czasie przekraczania granicy bułgarsko-serbskiej, na podstawie nakazu Interpolu wydanego w Macedonii. Jednak 4 stycznia 2011 bułgarski sąd apelacyjny nie zgodził się na jego ekstradycję do MacedoniiБугарски суд није допустио екстрадицију Архиепископа охридског Г. Јована. 12 grudnia 2011 duchowny został aresztowany po raz kolejny, gdy przekraczał granicę grecko-macedońską. Przewieziono go do więzienia Idrizowo k. SkopjeСаопштење за јавност Архиепископије охридске, a w styczniu 2012 przeniesiono na oddział zamknięty zakładu karnegoArchbishop Jovan transferred to the strictest closed section of the “Idrizovo” prison. 11 maja 2012 skazany na 2,5 roku więzienia i zobowiązany do wypłaty Macedońskiemu Kościołowi Prawosławnemu 250 tys. euro odszkodowaniaСербская Православная Церковь осудила вынесенный македонским судом приговор архиепископу Охридскому Иоанну (Вранишковскому).