Co prawda wczesne wydanie tej pieśni znalazło się w kancjonale biblioteki Zamoyskich, zawierającym druki z lat 1558–1561, ale nie ma pewności, czy Pieśń o potopie nie została dołączona do tego zbioru znacznie później.
Różnice w wydaniach pieśni Obie redakcje pieśni różnią się przede wszystkim zakończeniem – w redakcji pierwszej pieśń kończy się strofą : Lecz to nam dawno Bóg obiecał z nieba, / Że się takich wód bać już nie potrzeba; / Dziękujmy jemu z prawego serca / Za dobrodziejstwa.. Z tej zwrotki Kochanowski zrezygnował w wersji poprawionej, zastępując ją strofą: Pomni się lutni! Nie twojej to głowy / Wspominać Boga żywego rozmowy! / Każ ty nam zasieść przy ciepłym kominie, / Aż zły czas minie. Wpływ na to mogła mieć dbałość poety o czystość dźwiękową utworu, a w związku z tym rezygnacja z niedokładnych i mazurzących rymów (serca – dobrodziejstwa, podobnie jak w wersach 3–4 rym Wisła – wyszła zastąpił w nowej redakcji rymem Wilna – silna), troska o wymowę utworu (poeta mógł chcieć uniknąć zawartej w pierwszej wersji sugestii, że człowiek może zawrzeć równostronne porozumienie z Bogiem lub zastąpić jednoznacznie optymistyczną konkluzję uchyleniem się od rozważania kwestii boskich>) oraz chęć nawiązania do poezji Horacego – końcowa strofa drugiej redakcji stanowi parafrazę fragmentu ody rzymskiego poety (Carmina III, 3) –