W kolejnych latach działał w Galicji, gdzie m.in. rozprowadzał akcje poznańskiego Banku Ziemskiego. W 1889, z myślą o ratowaniu lasów tatrzańskich, nabył, w drodze licytacji za złote reńskie i 3 centy, dobra zakopiańskie, czyli znaczną część dzisiejszych Tatr Polskich (przebijając o jeden cent ofertę przedsiębiorcy przemysłu drzewnego i hutniczego Józefa Goldfingera). Po nabyciu dóbr zakopiańskich zamieszkał w Kuźnicach, w jednym małym pokoiku nad pocztą. Był człowiekiem niezwykle skromnym i oszczędnym. Koleją jeździł wyłącznie III klasą, żywił się jedynie w tanich jadłodajniach. Jednocześnie nie szczędził środków na cele charytatywne, m. in. anonimowo wspierał ubogich krakowskich studentów. Uchwałą z 29 grudnia 1899 Rady Miejskiej w Żywcu nadano mu honorowe obywatelstwo tego miasta.
W sądzie międzynarodowym w Grazu uzyskał w 1902 roku wyrok potwierdzający przynależność okolic Morskiego Oka nie do Królestwa Węgierskiego, a do Galicji i kończący spór o ziemie tatrzańskie. Dzięki staraniom Zamoyskiego (i Andrzeja Chramca) powstała linia kolejowa Chabówka – Zakopane oraz szosa z Chabówki do Zakopanego.