Od połowy 2004 roku, znacznie spadła aktywność rebeliantów, będących pod ciągłą presją ze strony wojska. Rząd Ugandy stał się celem coraz poważniejszej krytyki ze strony społeczności międzynarodowej z powodu niezakończenia walk. Międzynarodowe agencje humanitarne zakwestionowały dobrą wolę sił zbrojnych i ich zaangażowanie na rzecz pokojowego rozwiązania konfliktu. Siły zbrojne przyznały się również do rekrutowania żołnierzy spośród zbiegłych dziecięcych bojowników LRA.
W połowie września 2005 roku, grupa bojowników LRA, kierowana przez Vincenta Otti, przekroczyła granice Demokratycznej Republiki Konga (DRK). Prezydent Museveni oświadczył, że jeśli władze Konga nie rozbroją bojowników LRA, siły zbrojne Ugandy będą zmuszone ruszyć w pościg. Oświadczenie to spowodowało zaognienie stosunków dyplomatycznych między rządami DRK a Ugandy; doszło również do pokazu sił obu wojsk wzdłuż granic. Ambasador Konga przy Organizacji Narodów Zjednoczonych wystosował pismo do Sekretarza Generalnego ONZ, w którym przekonywał, że zasadnym jest wprowadzenie embarga na Ugandę, w odpowiedzi na agresywną politykę.
Rozmowy pokojowe w Dżubie (2006-2008) mały|Dystrykty Ugandy kontrolowane przez LRA