Porządkował także materiały do słownika chińsko-rosyjskiego, nad którym pracował archimandryta Palladiusz, doprowadzając ostatecznie do jego publikacji. Po sześciu latach pracy duszpasterskiej w Chinach został mianowany naczelnikiem misji rosyjskiej i otrzymał godność archimandryty. Wprowadził do nabożeństw prawosławnych organizowanych przez misję język chiński, rozpoczął również wyświęcanie Chińczyków na kapłanów. W 1882 odwiedził misję rosyjską w Japonii, by kierujący nią biskup Mikołaj mógł wyświęcić pierwszego duchownego narodowości chińskiej; wziął ponadto udział w zjeździe misjonarzy i katechizatorów rosyjskich i zapoznał się z funkcjonowaniem misji.
W Chinach pozostał do 1883, gdy z powodu pogorszenia się stanu zdrowia został na własną prośbę zwolniony z dotychczasowych obowiązków i skierowany do Ławry św. Aleksandra Newskiego w Petersburgu.
Biskup mały|Flawian (Gorodiecki) jako biskup lubelski 2 lutego 1885 archimandryta został wyświęcony na biskupa aksajskiego, wikariusza eparchii dońskiej. Chirotonia odbyła się w Petersburgu, w soborze Trójcy Świętej w kompleksie Ławry.