W eparchii dońskiej biskup Flawian zdołał jedynie dokonać wizytacji parafii w dekanacie chopiorskim, ponieważ już 29 czerwca tego samego roku Świątobliwy Synod Rządzący skierował go do eparchii chełmsko-warszawskiej jako jej wikariusza z tytułem biskupa lubelskiego. Oznaczało to powierzenie mu bezpośredniego nadzoru nad parafiami, które dziesięć lat wcześniej zostały włączone do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego wskutek likwidacji unickiej diecezji chełmskiej. Był bliskim współpracownikiem arcybiskupa chełmskiego i warszawskiego Leoncjusza. Szczególnie angażował się w rozwój prawosławnego szkolnictwaT. Stegner, Cerkiew prawosławna w Królestwie Polskim na przełomie XIX i XX w., [w:] . Gdy Leoncjusz w 1891 został metropolitą moskiewskim, biskup Flawian objął po nim katedrę chełmską i warszawską. Rok później otrzymał godność arcybiskupa.