Japonia była jednak daleka od całkowitej izolacji podczas trwania praw sakoku. System ten został bowiem wprowadzony głównie pod kątem umożliwienia prowadzenia handlu i wymiany zagranicznej wyłącznie przez siogunat i wyznaczone hany.
Uzasadnienie izolacji thumb|240px|E-fumi („deptanie obrazu” – test lojalności wobec sioguna, polegający na nadepnięciu na podobiznę Jezusa lub Maryi; ujawnieni chrześcijanie, byli torturowani i zabijani Siogunat Tokugawów (Edo-bakufu) narzucił politykę izolacji z następujących powodów: rozszerzających się wpływów hiszpańskich i portugalskich, zagrażających politycznej i gospodarczej stabilizacji władzy i pokoju na wyspach japońskich; wzrastającej liczby Japończyków przechodzących na katolicyzm w zachodniej Japonii, głównie na Kiusiu (Kyūshū). Holenderscy kupcy zostali dopuszczeni do handlu w wyniku ich zgody na zakaz prowadzenia pracy misjonarskiej; zmonopolizowania przez władze handlu i kontaktów ze światem zewnętrznym nie tylko pod kątem gromadzenia zysków, ale także poznawania dostarczanej przez Holendrów wiedzy naukowej Zachodu i dóbr materialnych, jak np.