Przepływ wód w zlewni Średzkiej Wody nie jest zaburzany w istotny sposób przez urządzenia hydrotechniczne. Duży jaz zlokalizowany w ujściowym odcinku Średzkiej Wody nie pełni funkcji piętrzącej (stan na 08.2017 r.). Na obszarze zlewni nie występują skupiska stawów hodowlanych, które mogłyby oddziaływać na przepływ. Najistotniejszym zaburzeniem przepływu Średzkiej Wody jest dopływ oczyszczonych ścieków komunalnych z oczyszczalni w Środzie Śląskiej w ilości 2640 m³/d, co przekłada się na dodatkowe 0,03 m³/s wody w cieku poniżej zrzutu. W czasie długotrwałej suszy atmosferycznej oczyszczone ścieki powiększają przepływ Średzkiej Wody na tym odcinku o około 15%.
W ujściowym odcinku Średzkiej Wody, pomiędzy Malczycami a Lipnicą, przy wysokich stanach Odry występuje zjawisko cofki, dlatego od Malczyc aż do Chomiąży, wzdłuż Średzkiej Wody usypano wały przeciwpowodziowe. Warunki przepływu tego cieku modyfikowane są również sezonowo poprzez intensywne zarastanie roślinnością wodną całości przekroju koryta, co znacząco osłabia nurt, dlatego konieczne są częste melioracje koryta Średzkiej Wody.