Próby policyjnego lub prywatnego odzyskania skradzionych druków nie przyniosły rezultatu, a Wóycicki zrzucił winę na nieporządek w zbiorach Ossolineum.
W 1834 powrócił do Królestwa Polskiego, był krótko więziony, następnie pracował jako dzierżawca dóbr ziemskich. Po poniesieniu dużych strat w efekcie wylewu Wisły osiadł na stałe w Warszawie w 1845. Utrzymanie zapewniał sobie dochodami z posad rządowych – głównego archiwisty i bibliotekarza Senatu, następnie dyrektora Drukarni Komisji Rządowej Sprawiedliwości i redaktora „Dziennika Praw”. Zajęcia te pozostawiały mu sporo czasu, który pożytkował na pracę wydawniczą i literacką. W 1848 został członkiem Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, zaś w 1860 Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk. W 1859 wszedł do redakcji Encyklopedii powszechnej Orgelbranda. Jego nazwisko wymienione jest w I tomie z 1859 roku na liście twórców zawartości tej encyklopedii. 15 maja 1876 obchodził jubileusz 50-lecia działalności literackiej. Zmarł w 1879. Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 199-4-1/2/3).