Miały one miejsce głównie w miastach: Chełmie, Hrubieszowie, Sokalu, Bełzie, Krasnymstawie, Tyszowcach, Parczewie. Miały one gwałtowny przebieg, włącznie z siłowym odbieraniem świątyń, niszczeniem wyposażenia oraz atakami na wiernych i duchownych z obu stron. Do zamieszek dochodziło także na terenach wiejskich. 25 lutego 1634 r. prawosławni chłopi ze wsi Maszów koło Lubomla nie dopuścili do wizytacji cerkwi, napadli na biskupa i osoby mu towarzyszące, zmuszając ich do ucieczki. Do jeszcze bardziej dramatycznych wydarzeń doszło pod koniec 1648 r., kiedy to Ziemia chełmska znalazła się w zasięgu powstania Chmielnickiego. Miały wówczas miejsce liczne prześladowania unitów zarówno ze strony Kozaków, jak i miejscowych prawosławnych. Zginęło wówczas wielu duchownych unickich oraz zniszczono wiele świątyń, w tym katedrę chełmską. W Krasnymstawie zniszczone zostały cenne archiwalia. Spalony został Hrubieszów. Największe straty diecezja poniosła na południu, w rejonie Potylicza, Magierowa, Narola i Lipska.