Bezpieczeństwo W przeglądzie Cochrane nie wykazano wyraźnego zwiększenia częstości działań niepożądanych u osób przyjmujących chondroitynę w porównaniu z placebo. Podsumowanie NCCIH stwierdza, że w dużych badaniach nad glukozaminą i chondroityną nie zidentyfikowano poważnych problemów bezpieczeństwa, ale wskazuje na możliwość zwiększonego ryzyka krwawienia u osób leczonych warfaryną oraz niewystarczającą ilość danych dotyczących stosowania w ciąży i podczas karmienia piersią.
W charakterystyce produktu leczniczego zawierającego siarczan chondroityny jako przeciwwskazanie wymieniono nadwrażliwość na substancję czynną lub substancje pomocnicze. Ostrożność zaleca się u osób z niewydolnością serca albo niewydolnością nerek, ponieważ bardzo rzadko opisywano obrzęki lub zatrzymanie wody w organizmie. Ze względu na brak doświadczenia klinicznego nie zaleca się stosowania u dzieci, a u osób z zaburzeniami czynności nerek lub wątroby zalecana jest ostrożność.