Siarczan chondroityny może nasilać działanie leków przeciwpłytkowych i przeciwzakrzepowych. W charakterystyce produktu leczniczego wymieniono konieczność ostrożności między innymi przy jednoczesnym stosowaniu kwasu acetylosalicylowego, dipirydamolu, klopidogrelu, oraz warfaryny; w przypadku leczenia warfaryną zaleca się kontrolę INR. Z powodu braku danych nie zaleca się stosowania produktu w okresie ciąży i karmienia piersią.
Do działań niepożądanych opisywanych w charakterystyce produktu leczniczego należą między innymi zaburzenia żołądkowo-jelitowe, takie jak nudności, biegunka, niestrawność, zaparcie, ból brzucha i wzdęcia, a także reakcje skórne, obrzęki i zawroty głowy.
Farmakokinetyka Dane farmakokinetyczne zależą od badanego preparatu, jego jakości farmaceutycznej i zastosowanej metody analitycznej. Według charakterystyki jednego z doustnych produktów leczniczych zawierających sól sodową siarczanu chondroityny biodostępność siarczanu chondroityny i jego pochodnych wynosi około 15–24%. Maksymalne stężenie w osoczu występuje po około 4 godzinach, a w mazi stawowej po około 5 godzinach.