Wieś często była zapleczem dla kolejnych armii. Po rozbiorach Polski Pruszcz znalazł się w zaborze pruskim.
Zabór pruski i Wolne Miasto Gdańsk W kronikach miasta zachowały się wzmianki o wielkim pożarze z 1801 (nie spłonął kościół). Również początek XIX wieku odcisnął na Pruszczu piętno. W 1807 w pruszczańskim kościele żołnierze francuscy urządzili magazyn prochu. Stąd też marszałek Lefebvre kierował zdobywaniem Gdańska. Od 1807 w granicach Wolnego Miasta Gdańska. W 1812 przez Pruszcz Gdański przechodził Napoleon. Od stycznia do 26 marca 1813 roku w miejscowości znajdowała się siedziba dowództwa wojsk rosyjskich skierowanych do zdobycia napoleońskiego Gdańska. Po klęsce Napoleona, Pruszcz powrócił pod panowanie pruskie. W 1831 w mieście znalazło się jedno z ognisk epidemii cholery. Zmarłych mieszkańców Pruszcza i okolic (łącznie 80 osób) pochowano na niezachowanym cmentarzu cholerycznym za Radunią i upamiętniono wysokim żeliwnym krzyżemPruszczańskie cmentarze dawne i obecne. Śladem historii po nekropoliach Pruszcza Gdańskiego.
thumb|Cukrownia w Pruszczu Gdańskim zbudowana w 1881 (zdjęcie z 2010)