I Rzeczpospolita mały|XVI-wieczny Ołtarz Ukrzyżowania z kościoła Podwyższenia Krzyża Świętego (ob. w Muzeum Narodowym w Warszawie) W czasie wojny trzynastoletniej w Pruszczu stacjonowały wojska polskie, a po skończonej wojnie miejscowość weszła w skład gdańskiego patrymonium miejskiego. Wieś należąca do Gdańskiej Wyżyny terytorium miasta Gdańska położona była w drugiej połowie XVI wieku w województwie pomorskimMapy województwa pomorskiego w drugiej połowie XVI w.: rozmieszczenie własności ziemskiej, sieć parafialna / Marian Biskup, Andrzej Tomczak. Toruń 1955, s. 128..
Pruszcz przez cały czas należał do Gdańska i z tego tytułu m.in. płacił daniny na rzecz miasta. Do dzisiejszych czasów zachowały się dokumenty dokładnie inwentaryzujące pruszczański majątek, np. w 1793 w Pruszczu było 295 koni, 53 byków, 119 krów (w tym 113 mlecznych), 26 cielaków, 294 świnie, 74 warchlaki oraz 10 uli pszczelich. Leżącą w strategicznym punkcie podczas drogi do Gdańska, często odwiedzały koronowane głowy. Wśród dostojników którzy zawitali do Pruszcza, bądź spędzili w nim kilka nocy, znaleźli się m.in. Zygmunt I Stary, Zygmunt II August, Zygmunt III Waza, Jan II Kazimierz Waza, Jan III Sobieski (31 lipca 1676), Stanisław Leszczyński czy August II Mocny. Kolejne konflikty zbrojne pozostawiały po sobie w Pruszczu liczne ślady.