Okres wędrówek ludów, trwający od IV do VII w., był okresem schyłkowym funkcjonowania ośrodka handlowego na terenie Pruszcza, co spowodowane było upadkiem Imperium Rzymu, oraz cofaniem się wybrzeża morskiego na skutek którego funkcje portowe u ujścia Wisły przejął powstały później Gdańsk.
Średniowiecze Średniowiecze to okres pomorskich książąt i lokalnego rycerstwa władającego osadami w sąsiedztwie Pruszcza. W przekazach historycznych znajdują się liczne historie dotyczące miejscowych wielmożów – Bartłomieja i Piotra z Rusocina, Jarosława z Osieka czy Chwalimira i Wojciecha Stefanowiców. 18.10.1367 na mocy dokumentu wydanego przez komtura gdańskiego Ludwiga von Essen nastąpiła lokacja wsi na prawie niemieckim, co w przypadku Pruszcza oznaczało przeorganizowanie istniejącej tu wcześniej osady. W okresie świetności zakonu krzyżackiego rycerze zakonni poczynili szereg inwestycji, fortyfikując miejscowość i stwarzając z pruszczańskiej wsi zaplecze dla warownego Gdańska. Krzyżacy nadali też Pruszczowi znaczące przywileje.