Struktura organizacyjna Orlęta podlegały formalnie Komendzie Głównej Związku Strzeleckiego (KG ZS), kierowanej przez komendanta ZS. Funkcję tę pełnili kolejno: ppłk dypl. Władysław Rusin (1933–1934), Marian L. Frydrych, płk Józef Tunguz-Zawiślak (od 1938).
Zgodnie ze Statutem ZS z 1937 młodzież należąca do Orląt była równocześnie członkami nadzwyczajnymi ZS. Związek Strzelecki zapewniał organizacji Orląt kadrę instruktorską, pomoc materialną, udostępniał bazę lokalową i środki finansowe na umundurowanie, organizację obozów, utrzymanie świetlic, a nawet na posiłki dla orląt. Środki przeznaczane na działalność Orląt były jednak niewystarczające w stosunku do potrzeb.
Orlęta (w strukturze sformalizowanej w maju 1939) działały w kilkuosobowych patrolach, trzy patrole tworzyły drużynę, liczącą zwykle 8–18 chłopców. Drużyny łączono w hufce (25–50 osób), drużyny działające na terenie jednej szkoły tworzyły hufce szkolne. Hufce działające na obszarze gminy tworzyły kompanię noszącą nazwę tej gminy, a kompanie z jednego powiatu – batalion o nazwie tego powiatu. Poszczególnymi jednostkami kierowali ich komendanci.