Mnich powrócił do Kupiatycz w lipcu 1638. Następnie został przełożonym monasteru św. Symeona Słupnika w Brześciu z godnością igumena. Nielegalne przekroczenie przez niego granicy rosyjskiej i sam fakt udania się do cara sprawiło, że w Polsce Atanazy zaczął być postrzegany jako szpieg moskiewski. W Brześciu duchowny walczył o poprawę sytuacji prawosławnych i wzywał ich do trwania w wierze, nieprzechodzenia na unię.
Podróż do Warszawy i jej następstwa W 1643 ihumen Atanazy udał się do Warszawy, by odebrać od króla Władysława IV przywilej zezwalający na budowę nowych prawosławnych obiektów sakralnych w Brześciu oraz potwierdzający prawa brzeskiego bractwa. Dokument ten nie został potwierdzony przez kanclerza Albrychta Stanisława Radziwiłła, gorliwego katolika niechętnego innowiercom. Wówczas duchowny wystąpił z oficjalną skargą w sejmie, domagając się likwidacji unii i wspierania „prawdziwej wiary greckiej”. Zapowiadał, że jeśli król nie posłucha go, padnie ofiarą boskiego gniewu. W rezultacie został aresztowany na wniosek hierarchów prawosławnych, którzy w ten sposób zamierzali udowodnić przed królem swoją lojalność.