Jako sprawców swojego uwięzienia Atanazy wskazywał następnie biskupa mohylewskiego Sylwestra, biskupa przemyskiego Sylwestra oraz archimandrytę Leoncjusza Szytyka, którzy byli również obecni na sejmie.
W święto Chrztu Pańskiego w styczniu 1644 Atanazy zdołał zbiec z więzienia. Ubrany jedynie w kłobuk i mantię biegał po mieście oraz wchodził do kościołów, wołając „Biada odszczepieńcom i niewiernym!”. Zachowanie to niektórzy prawosławni autorzy interpretują jako jurodstwo, jednak równie prawdopodobne jest, że Atanazy zamierzał w ten sposób prowokować i zwracać uwagę na głoszoną przez siebie krytykę unii, bądź też był nerwowo wyczerpany po pobycie w areszcie. Ostatecznie duchowny ponownie znalazł się w więzieniu, gdzie spędził 10 miesięcy, a sąd cerkiewny odebrał mu godność ihumena i suspendował. Zmuszono go do wyjazdu do Kijowa, gdzie ponownie stanął przed sądem duchownym. Uznał on, że Atanazy odpokutował już swoją winę w więzieniu i cofnął suspensę. Z polecenia metropolity kijowskiego Piotra duchowny wrócił do Brześcia.