Ksiądz Morawski był założycielem, redaktorem naczelnym „Przeglądu Powszechnego” i przełożonym Kolegium Pisarzy. Na łamach „Przeglądu Powszechnego” zostały opublikowane największe dzieła Jezuity: Celowość w naturze, Wieczory nad Lemanem, Zasady Etyki i Prawa. Już jako redaktor „Przeglądu Powszechnego”, ks. Morawski poznaje jednego z największych rosyjskich myślicieli i mistyków, Władimira Sołowjowa, a ich pierwsze spotkanie nastąpiło za pośrednictwem któregoś z francuskich jezuitów. Od 1887 wykładał dogmatykę szczegółową na Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie od 1891 był profesorem zwyczajnym, a także dziekanem Wydziału (1894–1895). Marian I. Morawski został profesorem zwyczajnym w dniu 19 stycznia 1891 roku. W roku akademickim 1894/1895 był dziekanem Wydziału.
W 1891 powstała z jego inicjatywy pierwsza w Polsce Sodalicja Akademików pw. Najświętszej Maryi Panny Gromnicznej.
Ogólne jego stanowisko filozoficzne jest zgodne z neoscholastyką, szczegółowo zajął się kwestią stosunku rozumu do wiary, między którymi według Morawskiego nie może być niezgody, ale wzajemna pomoc.
Został odznaczony brązowym Krzyżem Zasługi rządu francuskiego. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.