Indy odnajduje Kingstona, a następnie po pojawieniu się Magnusa, wyrusza na poszukiwanie Berła. Znajduje je w pobliskiej Świątyni, po przejściu wielu śmiercionośnych prób. Niestety w międzyczasie Magnus łapie Kingstona i Maggie, więc Indy jest zmuszony oddać Berło. Udaje mu się jednak przedostać na teren sterowca Magnusa (Odina) i odzyskać je. Kingston ginie biorąc na siebie strzał przeznaczony dla Indy’ego, a Indiana i Maggie wyskakują z Odina. Moc Laski powstrzymuje ich przed ciężkim upadkiem i rozstępuje przed nimi wody morza. Po dotarciu na suchy ląd Indy używa Berła, by rozdzielić sterowiec na pół i zamyka nad nim morze, w wyniku czego naziści i Magnus zostają zabici.
Indy pod koniec gry zastanawia się, co zrobić z Berłem, gdy nagle Laska przemienia się w węża. Indy i Maggie odchodzą w stronę zachodzącego słońca.
Wersja na PlayStation Portable Jest to najbardziej różniąca się wersja gry, głównie z powodu innego producenta. Najważniejsze różnice: