W latach 1961–1963 pełnił funkcję dziekana na Katolickim Uniwersytecie Ameryki oraz prowadził zajęcia na uczelni; w latach 1965–1969 był prezydentem Katolickiego Uniwersytetu Portoryko. W listopadzie 1965 został obdarzony tytułem papieskiego prałata domowego. Od 1969 prowadził działalność duszpasterską w archidiecezji nowojorskiej, aktywnie zajmował się sprawami edukacji katolickiej. Promował m.in. edukację najuboższej młodzieży. W latach 1971–1977 był sekretarzem arcybiskupa Nowego Jorku kardynała Terence’a Cooke’a.
Biskup 24 maja 1977 został prekonizowany biskupem pomocniczym Nowego Jorku (ze stolicą tytularną Rusubisir), sakry udzielił mu 29 czerwca 1977 kardynał Cooke. Pełnił funkcję wikariusza biskupiego ds. edukacji. W listopadzie 1981 został przeniesiony na urząd biskupa nowej diecezji Metuchen, a w maju 1986 został arcybiskupem metropolitą archidiecezji Newark. W listopadzie 1998 objął funkcję przełożonego (superiora) misji sui iuris w Turks i Caicos. thumb|Theodore McCarrick i admirał William Fallon przy bazylice Niepokalanego Poczęcia w Waszyngtonie, 16 września 2001. W listopadzie 2000 mianowany arcybiskupem metropolitą waszyngtońskim, rządy w archidiecezji objął 3 stycznia 2001.