W przypadkach, gdy odpowiedź immunologiczna jest dostatecznie silna i wyważona, aby powstrzymać namnażanie wirusa do czasu wytworzenia specyficznych przeciwciał, zarazem nie powodując krytycznych szkód w organizmie, około przełomu drugiego i trzeciego tygodnia choroba dochodzi do fazy rekonwalescencji. Proces zdrowienia jest bardzo powolny i obciążony powikłaniami. Występują: silne bóle mięśni i stawów, długotrwała astenia, przewlekłe zapalenie wątroby, stopniowo ustępujące problemy ze wzrokiem, a także psychiczne. Ostatecznie zmiany narządowe cofają się. Zakażenie się od pacjenta w tej fazie choroby (przez bezpośredni kontakt, również drogą płciową) jest możliwe, ale prawdopodobieństwo to szybko spada z czasem, wobec czego bardzo istotne jest podjęcie we właściwym momencie decyzji o umożliwieniu ozdrowieńcowi swobodnych kontaktów z otoczeniem. Przebycie choroby prawdopodobnie pozostawia trwałą odporność, choć nie zostało to jednoznacznie potwierdzone.
Rozpoznanie thumb|Mikroskopowy preparat autopsyjny wątroby uszkodzonej przez wirus
Klinicznie choroby nie można odróżnić od gorączki krwotocznej Ebola.