falsyfikatu kruszwickiego, z 1230 roku (rzekomo nadającego im ziemię chełmińską w wieczyste posiadanie, a nie w dzierżawę), uzyskali w 1234 r. bullę papieża Grzegorza IX, który uznał suwerenną władzę Krzyżaków w ziemi chełmińskiej. Dodatkowo na skutek starań Krzyżaków cesarz Fryderyk II wydał im w 1235 roku tzw. Złotą Bullę z Rimini (antydatowaną na 1226 r.), która potwierdzała nadanie krzyżakom ziemi chełmińskiej, jednak nie jako lenna nadanego im przez Konrada Mazowieckiego, ale jako własności.
W 1454 r. mieszkańcy ziemi chełmińskiej zbuntowali się przeciwko panowaniu krzyżackiemu, wznieśli powstanie i ogłosili przyłączenie tego regionu do Polski, co poparł i potwierdził król Polski, Kazimierz IV Jagiellończyk. Przyczyniło się to do wojny trzynastoletniej pomiędzy wojskami polskimi a krzyżackimi. Mieszkańcy ziemi chełmińskiej, a zwłaszcza takich miast jak Toruń, Chełmno czy Grudziądz, mocno finansowali stronę polską i polskiego króla. Wojna skończyła się zwycięstwem strony polskiej w 1466 roku, przez co ziemia chełmińska ponownie znalazła się w granicach Polski.