Już w 1482 roku Sykstus IV, w brewe z 29 stycznia, nakazał, by inkwizytorzy działali w porozumieniu z lokalnymi ordynariuszami i w procedowaniu stosowali się do norm prawa kanonicznego, a także wprowadził prawo, które zapewniało osądzonym za herezję możność apelacji od wyroku do Rzymu. Jednak naciski ekonomiczne (Izabela I 3 czerwca 1482 roku przyznała papieżowi prawo do trzeciej części majątku winnych herezji) spowodowały, iż papież wycofał się z koncepcji współpracy inkwizytorów z biskupami, apelując jednocześnie o stosowanie prawa łaski wobec skruszonych i zachowując prawo do apelacji. Interwencje papieskie miały jednak niewielki wpływ na działalność inkwizycji, co powodowało narastającą desperację wśród marranów. Podejmowane przez nich środki oporu były jednak nieskuteczne, a często wręcz przeciwskuteczne (np. zamordowanie inkwizytora Saragossy Piotra Arbués w 1485 doprowadziło do nasilenia represji).