Wojna secesyjna 21 lipca, w dniu bitwy nad Bull Run oczekiwał – wraz z resztą 2 Pułku– na rozkazy, które nigdy nie nadeszły. Stojąc pod Manassas z dala biernie obserwował manewry konfederatów i ucieczkę unijnej piechoty, a potem uczestniczył w deszczowym nocnym odwrocie w kierunku Waszyngtonu. Bezczynność kawalerii podczas tej bitwy stanowiła odbicie ówczesnego pojmowania jej roli przez teoretyków wojskowości. Konfederaci wyciągnęli wnioski szybko, ale generałom Armii Unii zajęło blisko dwa lata nim zaczęli dostrzegać potrzebę wykorzystywania jej jako niezależnej siły uderzeniowej. W rezultacie szwadrony kawalerii przydzielano do poszczególnych dywizji piechoty, a generalicja traktowała jeźdźców głównie jako posłańców, zwiadowców lub straż przyboczną. W takiej kawalerii Custer nie był w stanie doczekać się prawdziwej walki. Jego pułk, przemianowany wkrótce na 5 Pułk Kawalerii, wykruszał się w obronie Waszyngtonu, a na początku następnego roku wziął udział we wstępnej fazie kampanii półwyspowej. Nim to jednak nastąpiło Custer zachorował i zimę 1861/62 spędził w Monroe. Wtedy właśnie pododawał do munduru ozdobne naszywki naramienne i błyszczące mosiężne guziki, co niewątpliwie wzbogacało jego wygląd w oczach kobiet.