Historia ksiąg Księgi Metryki Koronnej przechowywano początkowo w Krakowie, a od czasów Zygmunta III Wazy w Warszawie. W czasie potopu szwedzkiego Metryka Koronna została wywieziona do Szwecji. Udało ją się w całości rewindykować po wojnie i wtedy też zdano sobie sprawę z możliwości utraty ksiąg stanowiących szczegółowy zapis działalności państwa od ponad dwóch wieków. Dlatego dokonano dokładnej inwentaryzacji i spisu Metryki. W 1795 roku Rosjanie wywieźli całą Metrykę do Petersburga. W 1799 roku większość ksiąg Metryki Koronnej wróciła do pruskiej Warszawy i tu została, z epizodem w latach 1812–1813, gdy Libri Inscriptionum zostały wywiezione do Saksonii, skąd wróciły bez strat. Resztę udało się odzyskać po zawarciu pokoju ryskiego (1921). Obecnie księgi Metryki Królestwa Polskiego są przechowywane w Archiwum Głównym Akt Dawnych w Warszawie.
Całość ksiąg wpisów Metryki Koronnej została zdigitalizowana i jest udostępniona w serwisie Polskiego Towarzystwa Heraldycznego (pther.eu) w ramach grantu pod kierunkiem prof. dr hab.