Podczas okupacji hitlerowskiej (1940–1942) w mieście znajdowało się getto, w którym zamknięto ok. 4 tys. obywateli polskich narodowości żydowskiej. Getto znajdowało się przy ul. Grobla i miało charakter przejściowy, po kilku miesiącach ludność została przetransportowana do obozu w Izbicy i obozu zagłady w Bełżcu (ok. 2 tys. osób). W mieście znajdowało się także więzienie, w którym Niemcy rozstrzelali 395 osób (1939–1944).
W okolicy działała także partyzantka (1940–1944) – Armia Krajowa, Bataliony Chłopskie, Gwardia Ludowa, Armia Ludowa i Narodowa Organizacja Wojskowa-Narodowe Siły Zbrojne. Partyzanci m.in.: uwolnili ok. 300 więźniów z miejscowego więzienia (1943) i zniszczyli 26 pociągów niemieckich (wiosną 1944).
Okres powojenny W latach 1944–1950 na terenie Krasnegostawu i okolic działała partyzantka antykomunistyczna. 5 stycznia 1946 w czasie zabawy urządzonej w budynku zarządu miejskiego wrzucono dwa granaty. Zginęły 3 osoby a 11 zostało rannych.