Jest zaangażowany w dialog z innymi religiami (m.in. z judaizmem) i z niewierzącymi, m.in. jako twórca Centrum Kultury i Dialogu przy Wyższej Szkole Filozoficzno-Pedagogicznej „Ignatianum”. Jest rzecznikiem dialogu między religiami Wschodu i Zachodu (jako źródło inspiracji wymienia zwłaszcza Anthony’ego de Mello).

W swych publikacjach i wypowiedziach krytykuje Kościół rzymskokatolicki. Kilkakrotnie z racji takich wypowiedzi był dyscyplinowany przez przełożonych zakonnych. Od 1994 był redaktorem naczelnym kwartalnika „Życie Duchowe”. Na łamach pisma zainicjował dialog na temat wiary i duchowości ze środowiskiem agnostyckim. W 2002, po wywiadzie dla „Przekroju”, w którym mówił o bałwochwalczym stosunku wiernych do Jana Pawła II, jego zwierzchnik wydał polecenie przedstawiania do kontroli dalszych publikacji. Obirek przestał wtedy także pełnić funkcję prorektora Ignatianum. Nadal prowadził wykłady z antropologii kulturowej. W październiku 2003, jako jedyny duchowny, podpisał list otwarty do europejskiej opinii publicznej. W 2005 za krytykę pontyfikatu papieża Jana Pawła II w wywiadzie dla „Le Soir” (wkrótce po jego śmierci) został ukarany przez prowincjała zakonu Krzysztofa Dyrka rocznym zakazem kontaktów z mediami i prowadzenia wykładów w Ignatianum.