W konsekwencji tej decyzji opuścił zakon i stan duchowny.
Odejście z kapłaństwa Jesienią 2005 ogłosił, że występuje z zakonu i rezygnuje z kapłaństwa. Przyczyny tej decyzji wyjaśnił w książce Przed Bogiem, wywiadzie, który z Obirkiem przeprowadzili i Jarosław Makowski. Do tematu wrócił w książce Polak katolik? w której zdiagnozował również polski katolicyzm w kontekście swojej decyzji wstąpienia do zakonu w 1976 i wystąpienia z niego w roku 2005. W 2020 przyznał, że dodatkowym czynnikiem wpływającym na jego decyzję było molestowanie seksualne, jakiego dopuścili się na nim dwaj kapłani, w tym ks. Stanisław Skorodecki, w czasie jego dzieciństwa.
Życie prywatne Mąż Shoshany RonenStanisław Obirek, Stanisław Obirek: Watykan i Rzym, „Studio opinii” z dnia 2017-03-30; pierwsze zdanie..