Opowiadanie kończy się odejściem księdza Suryna, który opuszcza Ludyń i wyrusza w dalszą drogę, natomiast matka Joanna po kilku latach zdrowieje i wraca do swojej służby.
Motywy mały|Anna Iwaszkiewicz, pierwowzór matki Joanny Miłość Jednym z motywów Matki Joanny od Aniołów jest miłość. Uczucie łączące ojca Suryna i matkę Joannę rozwija się stopniowo, a bohater początkowo uznaje je za przejaw działania szatana. W rozmowie z cadykiem Reb Iszym słyszy jednak, że „miłość jest na dnie wszystkiego, co się na świecie dzieje”, co podkreśla fundamentalne znaczenie tego uczucia dla ludzkiego życia. Miłość zostaje ukazana jako siła prowadząca do poświęcenia i skłaniająca człowieka do podejmowania dramatycznych decyzji. Ojciec Suryn pragnie bowiem za wszelką cenę uchronić matkę Joannę przed cierpieniem, nawet kosztem własnego szczęścia.
Opętanie Motyw opętania stanowi główną oś fabuły utworu. Iwaszkiewicz ukazuje go w sposób niejednoznaczny, przedstawiając różne interpretacje wydarzeń rozgrywających się w klasztorze w Ludyniu. Poszczególni bohaterowie odmiennie postrzegają obecność sił demonicznych – jedni wierzą w rzeczywiste działanie diabła, inni tłumaczą zachowanie zakonnic histerią lub przejawami ludzkiej natury.