Przyczyny fragmentacji Kiedy system plików jest po raz pierwszy zainicjowany na partycji, zawiera jedynie kilka małych wewnętrznych struktur i poza tym jest jednym ciągłym blokiem pustego miejsca. Oznacza to, że system plików jest zdolny do ulokowania, nowo stworzonych plików, w dowolnym miejscu, na partycji. Po dłuższym czasie utworzone pliki mogą być rozstawione blisko wartości optymalnej. Kiedy system operacyjny i aplikację są zainstalowane lub pliki archiwalne są rozpakowywane, oddzielne pliki kończą pojawiać się po kolei. Zatem powiązane pliki umieszczone są blisko względem siebie.
Podczas gdy istniejące pliki są usuwane lub zmniejszane, tworzą się strefy wolnego miejsca, a gdy są powiększane, to zazwyczaj niemożliwe jest, aby wznowić dokładnie tam, gdzie plik się skończył, ponieważ obszar ten może być już przydzielony. Dlatego dalsza cześć tego pliku jest umieszczana do nowego fragmentu. Wolne miejsce, a także często dołączane pliki mają tendencję do coraz większej fragmentacji. Krótsze obszary wolnej przestrzeni oznaczają, że system plików nie jest w stanie przydzielić nowych plików w sposób ciągły i musi je podzielić na fragmenty.