Ponadto zapowiedział, że za każdego Niemca zabitego przez powstańców dokonywane będą egzekucje Polaków. Następnie mężczyzn odseparowano od kobiet i dzieci, po czym obie grupy ulokowano w różnych blokach koszarowych. Większość kobiet i dzieci zwolniono wieczorem następnego dnia.
W kolejnych dniach do Stauferkaserne nadal spędzano ludność Mokotowa – przede wszystkim mężczyzn. Koszary zaczęły pełnić funkcję prowizorycznego więzienia, a zarazem punktu zbornego dla wypędzanych mieszkańców dzielnicy. Funkcjonowało ono mniej więcej do połowy września 1944, choć wielu Polaków przetrzymywano w koszarach aż do początków października. Po dłuższym lub krótszym pobycie w Stauferkaserne więźniowie byli zazwyczaj kierowani do obozu przejściowego w Pruszkowie lub innych punktów zbornych utworzonych przez Niemców dla wypędzanej ludności Warszawy.
Warunki bytowe więźniów
Pierwsza grupa mężczyzn spędzonych do Stauferkaserne otrzymała żywność i napoje dopiero następnego dnia, a niektórzy – dopiero po trzech dniach od zatrzymania. Począwszy mniej więcej od 5 sierpnia Niemcy pozwalali polskim kobietom donosić pożywienie krewnym uwięzionym w koszarach. Kilkakrotnie miały jednak miejsce przypadki, kiedy esesmani bez powodu otwierali ogień do idących pod białą flagą Polek.