Domyślny wygląd Sheparda oparty został na sylwetce holenderskiego modela Marka Vanderloo.

Shepard jest weteranem wojennym, który na wczesnym etapie gry otrzymuje status Widma (agenta wydziału Wywiadu i Działań Militarno-Obronnych) – elitarnego agenta na usługach Rady Cytadeli, mającego pełną swobodę działań w celu zakończenia misji sukcesem. Podążając tropem zbuntowanego Widma, Sarena Arteriusa, odkrywa, że współpracuje on ze Żniwiarzami – prastarą rasą maszyn, która co pięćdziesiąt tysięcy lat unicestwia rozwinięte cywilizacje zamieszkujące galaktykę. Shepardowi udaje się udaremnić knowania Sarena oraz pokonać Żniwiarza Suwerena. Rada Cytadeli, uważająca Suwerena za technologię gethów, bagatelizuje zagrożenie, wysyłając Sheparda do zwalczania niedobitków armii Gethów, których działania po klęsce Żniwiarza stały się chaotyczne i nieskoordynowane.