Reformacja doprowadziła do powstania wielu odmiennych koncepcji dotyczących nauki chrześcijańskiej, organizacji Kościoła i życia religijnego. W niektórych środowiskach postulatom religijnym towarzyszyły również żądania zmian społecznych. Przemiany wyznaniowe sprzyjały ponadto rozwojowi kultur poszczególnych narodów. Szczególne znaczenie miało upowszechnienie piśmiennictwa w językach narodowych, rozwój szkolnictwa oraz przemiany w muzyce sakralnej.
Odpowiedzią Kościoła katolickiego na reformację była kontrreformacja, której podstawy doktrynalne i organizacyjne zostały określone podczas Soboru Trydenckiego (1545–1563). Ważnymi ośrodkami działań kontrreformacyjnych były przede wszystkim Włochy i Hiszpania. Działania te nie doprowadziły jednak do całkowitego zahamowania przemian wyznaniowych. W XVII i XVIII wieku w obrębie środowisk wywodzących się z luteranizmu i kalwinizmu pojawiły się kolejne ruchy religijne, określane niekiedy mianem „drugiej reformacji”. Ich przedstawiciele krytykowali istniejące Kościoły protestanckie, zarzucając im odejście od pierwotnych założeń reformacyjnych oraz nadmierną skłonność do kompromisów.