Próby siłowego powstrzymania reformacji podejmowane przez cesarza Karola V oraz katolickich książąt niemieckich doprowadziły do serii konfliktów określanych jako wojny religijne. Ich zakończenie przyniósł pokój augsburski z 1555 roku, który ustanowił prawne podstawy współistnienia luteranizmu i katolicyzmu na obszarze Świętego Cesarstwa Rzymskiego. W praktyce doprowadziło to do utrwalenia podziału wyznaniowego państw niemieckich. Luteranizm dominował przede wszystkim w wielu księstwach północnych, m.in. w Saksonii i Brandenburgii, natomiast w południowej części Rzeszy utrzymał się katolicyzm, szczególnie silny w Bawarii.
Ruch reformacyjny szybko przekroczył granice Rzeszy. W Skandynawii reformacja doprowadziła do ustanowienia luteranizmu religią państwową. W Szwecji nastąpiło to w 1527 roku, natomiast w Danii i Norwegii w 1536 roku. W Szwajcarii rozwinął się kalwinizm, w Anglii ukształtował się anglikanizm, a w Szkocji – prezbiterianizm. Zwolennicy reformacji pojawili się również we Francji, na Węgrzech, w Czechach i w Polsce. Luteranizm przyjęły także terytoria powstałe w wyniku sekularyzacji państw zakonnych, w tym Prusy Książęce oraz część ziem Inflant.