Członkowie kapituły wkraczali na nabożeństwo i na swoje posiedzenia przez główny portal od strony północnej, natomiast wierni wchodzili przez dzisiejsze główne wejście od strony południowej.
Po pożarze z 1472 po zachodniej stronie kościoła zbudowano lub być może odbudowano bez większych zmian ambit. W 1482 zbudowano nowy budynek kapituły po północnej stronie kościoła, w 1485 nową zakrystię (wyburzoną w 1818), a w 1495 ukończono nowe krużganki.
Okres nowożytny thumb|Barokowy ołtarz główny W 1633 kościół św. Sewera został zajęty przez wojska szwedzkie i przekazany protestantom. Wewnątrz zburzono ołtarz główny i przesunięto ambonę. Jednak już w 1635 do kościoła powrócili katolicy a zmiany w wystroju wnętrza zaczęto stopniowo usuwać. Po 1670 kościół otrzymał nowy, barokowy ołtarz główny.
W 1798 r. pomalowano wnętrza kościoła.
Podobnie jak sąsiednia diecezja Mariacka również diecezja św. Sewera została zniesiona w następstwie ustawy sekularyzacyjnej (niem. Reichsdeputationshauptschluss) z 1803 r.
W 1813 w czasie wojen napoleońskich kościół pełnił czasowo funkcję lazaretu.
W 1818 część sklepień runęła;