Dotarłszy do celu, Naliwajko udał się na przypadkowo napotkany pogrzeb diakona Konstantyna Rozowa i wygłosił na nim mowę, w której określał współczesne sobie czasy jako szczególnie trudne, ale służące równocześnie jako okres wyzwolenia narodu od popełnionych grzechów. Wzywał również Rosjan do praktykowania wiary prawosławnej. Jeszcze tego samego dnia Naliwajko został zatrzymany przez milicję.
W czasie przesłuchania Naliwajko zachowywał się jak rosyjscy jurodiwi; stwierdził, że nie posiada adresu zamieszkania ani nie pochodzi z żadnej guberni, gdyż wszystkie należą do niego. Zapytany o dokumenty pokazał jedynie krzyż, jaki nosił na szyi. Przewieziony na kolejne przesłuchanie do siedziby GPU zeznał, iż jest obywatelem Nowego Jeruzalem, świadkiem Słowa Bożego, bojownikiem Jezusa Chrystusa; twierdził również, że Rosja, którą znał, została zastąpiona przez wielki Babilon, którego sługami są bolszewicy. Ostatecznie został skazany na trzy lata łagru w obozie na Wyspach Sołowieckich.