Wielu Ormian osiedlono w Kapadocji i w górskich regionach północnej Syrii i MezopotamiiDonal Stewart Angus, The Armenian Kingdom and the Mamluks: War and Diplomacy During the Reigns of Het’um II (1289–1307), Brill Academic Publishers, 2001..
Formalna aneksja Armenii rządzonej przez Bagratydów do Cesarstwa Bizantyńskiego nastąpiła w 1045 roku. Ormiańskie elity nie widziały szans na odbudowę niezależnego państwa wobec potęgi Bizancjum i muzułmańskiego zagrożenia ze wschodu. Była to przyczyna kolejnej fali ormiańskich migracji do Cylicji. Bizantyńska polityka przesiedleń mocno sprzyjała temu procesowi. Ormianie byli teraz kluczowym elementem planu odrestaurowania południowo-wschodnich rubieży Cesarstwa. Byli osiedlani nie tylko jako szeregowi żołnierze, ale także dowódcy, dostojnicy i gubernatorzy. Kontrola nad wieloma ważnymi twierdzami i miastami przeszła w ręce ormiańskich namiestników. 19 lat później w 1064 roku po raz pierwszy na dużą skalę dali o sobie znać Turcy seldżuccy. Podbili wówczas ormiańskie miasto Ani, które uczynili swą bazą wypadową na Azję Mniejszą. W 1071 roku seldżucki sułtan Alp Arslan odniósł decydujące zwycięstwo nad siłami Bizancjum w bitwie pod Manzikertem, co w krótkim czasie pozwoliło mu opanować Armenię i część Azji Mniejszej. Ormianie ponownie znaleźli się pod muzułmańskim panowaniem.