Toksyczność polimyksyn jest znaczna, wykazują m.in. działanie neurotoksyczne i nefrotoksyczne. Z tego powodu stosuje się ją głównie miejscowo w postaci maści lub kropli do oczu. Nie wchłania się z przewodu pokarmowego i po doustnym przyjęciu działa tylko miejscowo. Poniżej przedstawiono wzory strukturalne trzech głównych polimyksyn B: class=skin-invert-image|600px|left Polimyksyna R R′ Wzór sumaryczny Masa cząsteczkowa B1 CH3 CH3 C56H98N16O13 1204 B2 H CH3 C55H96N16O13 1190 B3 CH3 H C55H96N16O13 1190
Zakres działania Jest podobny do działania kolistyny. Nie działa na bakterie Gram-dodatnie, ponieważ te mają za grubą ścianę komórkową, która uniemożliwia penetrację polimyksyn. Zakres działania jest wąski – przede wszystkim na bakterie Gram–ujemne, szczególnie na: Pseudomonas aeruginosa; Enterobacter aerogenes; Escherichia coli; Haemophilus influenzae; Salmonella i Shigella. Nie działa lub działa słabo w dużych stężeniach na Proteus vulgaris i Brucella abortus.